Nguyên do xuất phát có thể là từ việc phân tích bản kinh Qur'an, do nhu cầu tôn giáo, mà kỹ thuật phân tích tần suất đã được phát minh để phá vỡ các hệ thống mật mã đơn ký tự vào khoảng năm 1000. Đây chính là kỹ thuật phá mã cơ bản nhất được sử dụng, mãi cho tới tận thời điểm của thế chiến thứ II. Về nguyên tắc, mọi kỹ thuật mật mã đều không chống lại được kỹ thuật phân tích mã (cryptanalytic technique) này cho tới khi kỹ thuật mật mã dùng nhiều bảng chữ cái được Alberti sáng tạo (năm 1465). [cần dẫn nguồn]

Mật mã học (tuy âm thầm) ngày càng trở nên quan trọng dưới tác động của những thay đổi, cạnh tranh trong chính trị và tôn giáo. Chẳng hạn tại châu Âu, trong và sau thời kỳ Phục hưng, các công dân của các thành bang thuộc Ý, gồm cả các thành bang thuộc giáo phận và Công giáo La Mã, đã sử dụng và phát triển rộng rãi các kỹ thuật mật mã. Tuy nhiên rất ít trong số này tiếp thu được công trình của Alberti (các công trình của họ không phản ảnh sự hiểu biết hoặc tri thức về kỹ thuật tân tiến của Alberti) và do đó hầu như tất cả những người phát triển và sử dụng các hệ thống này đều quá lạc quan về độ an toàn. Điều này hầu như vẫn còn đúng cho tới tận hiện nay, nhiều nhà phát triển không xác định được điểm yếu của hệ thống. Do thiếu hiểu biết cho nên các đánh giá dựa trên suy đoán và hy vọng là phổ biến.

Mật mã học, phân tích mã học và sự phản bội của nhân viên tình báo, của người đưa thư, đều xuất hiện trong âm mưu Babington diễn ra dưới triều đại của nữ hoàng Elizabeth I dẫn đến kết cục xử tử nữ hoàng Mary I của Scotland. Một thông điệp được mã hóa từ thời "người dưới mặt nạ sắt" (Man in the Iron Mask) (được giải mã vào khoảng 1900 bởi Étienne Bazeries) cho biết một số thông tin về số phận của tù nhân này (đáng tiếc thay là những thông tin này cũng chưa được rõ ràng cho lắm). Mật mã học, và những lạm dụng của nó, cũng là những phần tử liên quan đến mưu đồ dẫn tới việc xử tử Mata Hari và âm mưu quỷ quyệt dẫn đến trò hề trong việc kết án Dreyfus và bỏ tù hai người đầu thế kỷ 20. May mắn thay, những nhà mật mã học (cryptographer) cũng nhúng tay vào việc phơi bày mưu đồ dẫn đến các khúc mắc của Dreyfus; Mata Hari, ngược lại, đã bị bắn chết.

Ngoài các nước ở Trung Đông và châu Âu, mật mã học hầu như không được phát triển. Tại Nhật Bản, mãi cho tới 1510, mật mã học vẫn chưa được sử dụng và các kỹ thuật tiên tiến chỉ được biết đến sau khi nước này mở cửa với phương Tây (thập kỷ 1860).